Ярлыки Gnome

Ярлыки Gnome имеют расширение .desktop

prefix=/usr         ярлыки для всех профилей
prefix=/usr/local   ярлыки для всех профилей

prefix=~/.local     ярлыки для текущего профиля

$prefix/share/applications  - каталог ярлыков
$prefix/share/icons         - каталог иконок

Пример содержания файла ярлыка

[Desktop Entry]
Name=KeePass
GenericName=Password manager
Exec=keepass %u
Icon=keepass
Terminal=false
Type=Application
StartupWMClass=keepass2
Categories=Utility;
MimeType=application/x-keepass2;
Keywords=passwords;
X-Desktop-File-Install-Version=0.23

Созданные вручную ярлыки лучше хранить в профиле, чтобы не потерять их при переустановке ОС

~/.local/share/applications
~/.local/share/icons